Come segretario sceglie il marchigiano Decio Azzolini, già suo segretario particolare durante il Cardinalato; anche se i lavori di cancelleria passarono ad Antonio Graziani, vescovo di Amelia.

 conferma il grado di Generale della Chiesa a Giacomo Boncompagni, duca di Sora, nominando il Marchese di Asciano suo Luogotenente, destitutuendo così senza addurre motivi, Mario Sforza;

nomina Castellano di Castel Sant' Angelo l'anconitano Nicolò Todini, suo parente; Governatore di Borgo e capo della guardia di Sua Santità,  il Marchese Altemps; 

Datario Mons. Ippolito Aldobrandini, (sostituito nel settembre del 1587 da Giovanni Evangelista Pallotta)

Governatore di Roma Monsignor San Giorgio, che in seguito sarà sostituito da monsignor Pierbenedetti (ago. 1585);

Maestro di casa Monsignor d' Alife;

Camerieri segreti quelli che l'avevano servito in passato.

01 mag. il de Hubener citando un dispaccio del 26 aprile di Lorenzo Priuli al doge, anticipa la data citata,1 maggio al 24 aprile] Nomina sovrintendente generale degli affari dello Stato ecclesiastico (capo della Consulta del governo ecclesiastico lo definisce il de Hubner) il card. Michele Bonelli, nipote di Pio V,  assegnandogli nel Palazzo l’appartamento abitato dal San Sisto,ma ben presto l’Alessandrino cade in disgrazia (sul finire del 1585) per un certo abuso di autorità tanto chel'Anonimo Vallicelliano così commenta: “il Bonelli perdette la grazia di Sisto per la sua jattanza, ed imprudente autorità che usurpavasi”. Il card. Santorio di Santa Severina descrive la situazione in questo modo:

“Il Signor Cardinale Alessandrino tutto festante si credeva maneggiare il Pontificato a modo suo... e mi disse tutto gioioso queste formali parole: Non diamo fastidio a questo povero vecchio, perché noi saremo i Patroni. Et io risposi al suo orecchio faccia Dio, che passata questa sera ella non se ne penta. Siccome in effetto fu, perché non stette mai allegro in tutto il Pontificato, sentendo rammarichi, travagli, affanni, angoscie. E' ben vero ch' egli stesso se l'andava procurando per trascuraggine, e per troppa superbia, con esprobrare assiduamente il beneficio, che avea fatto al Papa”.

Ma Sisto, rispettando la memoria di Pio V, nel gennaio 1586 allontana diplomaticamente  il Bonelli adducendo problemi di salute. (13- pag.50), gli subentra Alessandro Peretti.

Osserva il de Hübner che l’assenza da ruoli chiave durante il papato di Gregorio XIII, pesa, tanto che Sisto affida incarichi di responsabilità a personaggi già sperimentati nel passato, in attesa di prendere dimestichezza con la realtà presente e quindi promuovere altri più degni.

- Fine aprile Vengono distribuiti i governi delle provincie: Il Castagna ha quello di Bologna, il Colonna la Romagna, il Cesi le Marche, lo Spinola Perugia e il Lancellotto la Campagna (9-pag. 208)

13 mag. Nomina cardinale il nipote quindicenne Alessandro Damasceni, figlio di sua nipote, in seguito noto come  Cardinale Montalto.

L'altro nipote Michele, fratello del cardinale Alessandro, all'età di otto anni, viene nominato capitano generale della guardia pontificia, destituendo Giacomo Boncompagni e il 12 dicembre(il Tempesti dice ottobre) governatore del Borgo di San Pietro

16 nov. Sisto amplia il Collegio dei sette notai della Sede Apostolica, portandolo a dodici

22 set. Sisto riduce a cento i referendari "utriusque Signaturae", stabilendo al tempo stesso precisi  requisiti per l'ammissione al Collegio: legittimità di natali, appartenenza allo stato clericale, formazione giuridica universitaria, età minima di venticinque anni e decorosa condizione economica; per i referendari di Grazia si richiede un triennio di tirocinio nel referendariato di Giustizia.

Riforma il Collegio dei notai capitolini riducendone il numero a trenta e rendendo vacabili gli uffici per l'importo di 500 scudi ciascuno (data da determinare)

3 dic. Con la Postquam verus Sisto fissa il numero dei Cardinali pari a 70, in memoria dei 70 anziani d'Israele scelti da Mosè durante l'esodo.

inizio anno,Rusticucci si ritira, la Consulta viene sospesa e il papa governa da solo coadiuvato dal cardinal Montalto e Azzolini che morirà il 9 ottobre 1587. Un certo ruolo lo hanno anche Domenico Pinelli, Ippolito Aldobrandini e Giovanni Battista Castrucci, mentre i cardinali Santori, Gesualdo e Aragona avevano il compito di trattare con i diplomatici stranieri, essendo Alessandro Montalto ancora troppo giovane(13-pag. 51).

Virgilio Orsini e Marcantonio Colonna vengono nominati assistenti al trono pontificio

22 gen. Vedi la bolla Immensa aeterni dei per la creazione del sistema delle Congregazioni per il governo dello Stato...Tale ordinamento subisce ben presto modifiche: la Congregazione per le strade, i ponti e le Acque nel 1590 viene dallo stesso Sisto limitata e si occupa solo dell'Acqua Felice; la Congregazione dell'Annona non ebbe modo di funzionare in quanto le sue funzioni erano già esercitate dal camerlengo e dal presidente dell'Annona; la Congregazione degli Sgravi viene aggregata nel 1592 a quella del Buon Governo istituita da Clemente VIII. Con le Congregazioni Sisto da un maggiore impulso all'applicazione della riforma tridentina, sottraendo potere al Concistoro e indebolendo il peso politico del Sacro Collegio.

-Sisto dispone che tutti i documenti della Camera Apostolica fossero custoditi in un apposito archivio e quelli relativi agli anni trascorsi, se ancora reperibili, acquisiti a questo fondo. Inoltre prevedeva di creare un Archivio ecclesiastico centrale ove raccogliere gli atti più importanti delle varie Chiese e quelli di cui era utile conservare memoria. (7-pag.161).

- I registri di stato civile, previsti dal Concilio di Trento e fino ad allora non compilati, divennero una realtà in tutte le parrocchie.

- Inoltre Sisto ordinò che tutti gli Istituti ecclesiastici redigessero inventari dei loro atti e che i relativi registri fossero conservati in luoghi sicuri.

- I notai dovevano conservare i loro atti in archivi e che questi fossero a disposizione di tutti, e ciò tanto per i contratti privati che per quelli degli Enti pubblici (7- pag.162)